Sulkendrup Mølle omtales allerede i 1425. Vandmøllen er blevet genopført flere gange. Eksempelvis nedbrændte den både i 1919 og 1830, ligesom den i 1659 blev slemt hærget af svenskerne under Svenskekrigen.

Møllen har været fæstemølle under godset Holckenhavn og var i 1700-tallet forpligtet  til at male alt mel, der skulle bruges på godset, uden at mølleren måtte tolde for arbejdet.

Efter branden i 1919 blev de tidligere møllehjul erstattet af en ”moderne” vandturbine. Vandturbinen drev mølleriets kværne, valser, hejseværk m.m. frem til begyndelsen af 1990’erne, hvor turbinen var slidt op. Vandturbinen blev derefter erstattet med en kraftigere udgave, ligeledes fra 1919, hentet fra den nedlagte Holts Mølle ved godset Rønninge Søgård.

Sulkendrup Mølle var den sidste erhvervsaktive vandmølle i Danmark indtil mølleriets ophør i 2001, hvor møllens vandturbine havarerede. Flere hundrede års virke som mølleri sluttede dermed.

Efter nogle års stilstand er det nu hensigten, at møllen med tiden kan danne ramme om forskellige aktiviteter og dermed atter gøres til et levende og aktivt sted.